תקציב המדינה, ובכלל זה תקציב משרד החינוך, מבטא את מערכת העדיפויות של המדינה בהקצאת המשאבים העומדים לרשותה. בנייר המדיניות "תקציב משרד החינוך 2014–2000: מגמות ובעיות", מאת נחום בלס ויוליה קוגן ממרכז טאוב, נבחנו ההתפתחויות בתקציב משרד החינוך משנת 2000 ועד 2014, בדגש על אופן ניצול התקציב, כדי לעמוד על אותם סדרי עדיפויות.
חוקרי מרכז טאוב בחנו את גודלו של תקציב משרד החינוך באמצעות כמה מדדים, כמו רמת התקציב ביחס לתמ"ג לנפש וביחס להוצאה במדינות ה-OECD. מן המחקר עולה כי במהלך התקופה הנבדקת גדל תקציב משרד החינוך במונחים מוחלטים: במהלך השנים 2012–2000 גדל תקציב הביצוע (כלומר הסכום שהושקע בחינוך בפועל) ב-45 אחוז. כשמביאים בחשבון את הגידול במספר התלמידים באותה תקופה (24 אחוז) היקף הגידול לכל תלמיד מצטמצם בהרבה, אולם המגמה נותרת בעינה.
לעומת זאת, כאשר בוחנים את גובה התקציב לתלמיד יחסית לתמ"ג לנפש מתגלות מגמות מעט שונות, כפי שניכר בתרשים הראשון. בהכללה אפשר לומר שעד 2006 התקציב לתלמיד יחסית לתמ"ג לנפש ירד, ואילו מאז הוא שמר על יציבות ואף עלה.
ההשוואה למדינות אחרות מעידה כי הגידול בתקציב משרד החינוך אינו מספיק כדי להדביק את הפער. מהתרשים השני עולה בבירור שמדינות ה-OECD מייחסות חשיבות גדולה יותר לחינוך בכל אחת משכבות הגיל. כמו כן ניכר שהפער בין ישראל ל-OECD בתחום ההוצאה על חינוך בגיל הרך ובחינוך העל-יסודי עלה במהלך התקופה הנסקרת, ובתחום החינוך היסודי המגמה התהפכה מפער חיובי (לטובת ישראל) לפער שלילי.
עם זאת, מאז ההתחלה של יישום הסכם השכר "אופק חדש" עם המורים בחינוך היסודי בשנת 2008 חל שינוי משמעותי בשיעור ההוצאה לתלמיד. שיעור זה בישראל עלה במהירות, ואילו ההוצאה לתלמיד ב-OECD קפאה על שמריה ואפילו ירדה במקצת. לאור העובדה שהסכם השכר "עוז לתמורה" עם המורים בחינוך העל-יסודי יבוא לידי ביטוי בעיקר בנתוני השנים 2012–2015, ובה בעת יושלם יישום חוק לימוד חובה לגילאי 4– 3, בשנים הקרובות צפויה מגמת השיפור בישראל להימשך ואף להתחזק.
נושא חשוב נוסף שנבדק במחקר של מרכז טאוב הוא שקיפות תקציב החינוך. כשדנים בתקציב נהוג להבדיל בין שלושה סוגי תקציב: התקציב המקורי – שהוא התקציב שאושר בכנסת והוא נכון ל-1 בינואר כל שנה; התקציב על שינוייו – כלומר התקציב שהתקבל לאחר תוספות ושינויים שאושרו בוועדת הכספים של הכנסת; וביצוע התקציב – היינו הסכום שנוצל בפועל עד 31 בדצמבר באותה שנת תקציב.
ביצוע התקציב במהלך התקופה הנסקרת עמד בממוצע על כ-102 אחוז מהתקציב המקורי, אך רק על כ-96 אחוז מהתקציב על שינוייו. על פניו זוהי רמת ביצוע מרשימה מאוד, במיוחד ביחס לתקציב המקורי. אולם במונחים שקליים המשמעות היא שבתקציב 2012, למשל, משרד החינוך לא ניצל 1.34 מיליארד שקלים מתקציבו. כפי שאפשר לראות בתרשים השלישי, ההבדלים בין הרמות נותרו עקביים לאורך השנים.
במחקר נבדקו בפרוטרוט סעיפים רבים בתקציב משרד החינוך, וכמעט בכל אחד מהם התגלו פערים משמעותיים בין התקציב שהוקצה להם ובין הביצוע בפועל. כך למשל מופיעה בתקציב תקנה בשם "הקטנת מספר התלמידים בכיתות". ואמנם, בשנים 2011–2009 הוקצו בתקציב המקורי כ-218 מיליון שקלים לצורך זה – אולם בטור הביצוע מופיע המספר 0. לא ברור אם מראש הייתה כוונה לא לנצל את התקציב לצורך זה, אולם ברור כי סעיף זה לא שימש לייעודו המקורי ואין לדעת מה עלה בגורל הכסף שהוקצה למטרה זו – בדומה לסעיפים רבים אחרים.
לסיכום קובעים בלס וקוגן כי תקציב משרד החינוך אינו שקוף לציבור, בעיקר בשל ההבדלים בין רמות התקציב השונות. הבדלים אלו, כמו גם ההעברות המרובות מסעיף לסעיף – ובייחוד מסעיפי הרזרבה המרובים, שאינם מפורטים – מקשים מאוד לעקוב אחרי הביצוע של תקציב החינוך בפועל. למעשה לציבור המעוניין בכך אין שום דרך לבדוק האם משרד החינוך אכן עומד בהתחייבותיו ומבצע את תכניותיו כמוצהר.