ניתן לייחס חלק משמעותי מהצלחתה הכלכלית ומיוקרתה של ישראל בזירה הבין-לאומית לתשתית הידע העמוקה ולהמצאות החדשות שמתפתחות בארץ. האוניברסיטאות בישראל מילאו תפקיד מפתח בהצבתה בין המדינות המובילות בעולם בכל הנוגע לתגליות חדשות ופרסומים שמקדמים את חזית הידע. עם זאת, ממצאים ממחקרו של פרופ' דן בן-דוד מצביעים על כך שסדר העדיפויות הלאומי של ישראל בתחום ההשקעה באוניברסיטאות המחקר עבר מהפך בשנות השבעים. על פי המחקר, בניגוד לתפיסה הרווחת שלפיה העשור הראשון של שנות האלפיים היה "עשור אבוד" מבחינת ההשכלה הגבוהה במדינה, המגמה ארוכת הטווח בנוגע לאוניברסיטאות המחקר בישראל נותרה יציבה ביותר מאז אותו מהפך שהתרחש לפני 40 שנה.
25 השנים שחלפו בין קום המדינה ב-1948 למלחמת יום הכיפורים ב-1973 היו שנים של התבססות והציבו אתגרים למדינה החדשה. פליטים ועולים מאירופה ומארצות ערב הגיעו לישראל עם משאבים מעטים בלבד. במהלך תקופה זו פרצו מלחמות, הונהג צנע בשנות החמישים והמשק הצעיר של ישראל פיגר בצורה משמעותית אחרי המשקים של המדינות המפותחות. עם זאת, עד פרוץ מלחמת יום הכיפורים כבר היו בישראל שבע אוניברסיטאות מחקר שאוישו בסגל הוראה בכיר שגדל במהירות, הן במונחים מוחלטים והן ביחס לגודל האוכלוסייה. בשיא פריחתן בתחילת שנות השבעים היה היצע חברי סגל ההוראה הבכיר לנפש באוניברסיטאות בישראל דומה להיצע המקביל בארצות הברית.
הכל השתנה מאז. המספר המידלדל של חברי סגל ההוראה הבכיר משקף את חומרת הבעיה. בעוד שב-1973 היו 131 חברי סגל הוראה בכיר לכל 100,000 נפשות בישראל, הרי שבשנת 2010 צנח שיעורם ב-53 אחוז ועמד רק על 62 חברי סגל בכיר. לשם השוואה, מספר חברי סגל ההוראה הבכיר לנפש בארצות הברית דווקא גדל באותן שנים.
אוכלוסייתה של ישראל גדלה במהירות (133 אחוז) בין 1973 ל-2010. מכיוון ששיעור הישראלים שבחרו במסלול של לימודים אקדמיים מתוך כלל האוכלוסייה הלך ועלה, גדלה אוכלוסיית הסטודנטים באוניברסיטאות המחקר מהר יותר מקצב הגידול באוכלוסייה הכללית – 157 אחוז לאורך אותן 37 שנים. לעומת זאת, מספרן של משרות סגל ההוראה הבכיר באוניברסיטאות גדל באותה תקופה בשיעור זעום – 9 אחוזים.
למעשה, באוניברסיטאות הדגל של ישראל היו ב-2010 פחות אנשי סגל הוראה בכיר מאשר ב-1973. באופן ספציפי, באוניברסיטה העברית ובאוניברסיטת תל אביב היה מספרן של משרות סגל ההוראה הבכיר ב-2010 נמוך ב-17 ו-26 אחוז, בהתאמה, מאשר ב-1973. הטכניון, מוסד שתרם רבות למהפכת ההיי-טק בישראל ולהצלחתה בתחום זה, איבד אף הוא 26 אחוז ממשרות סגל ההוראה שלו בין 1973 ל-2010.
במהלך העשורים האחרונים השתנתה באופן ניכר מדיניותה של ישראל בנוגע להשכלה גבוהה. אוניברסיטאות המחקר קיבלו עדיפות נמוכה יותר, אולם בשנות התשעים חלה צמיחה ניכרת בהתפתחותן של מכללות אשר אינן עוסקות במחקר, שעלותן נמוכה יותר, במטרה להגביר את נגישותה של ההשכלה הגבוהה לחלק גדול יותר מאוכלוסיית המדינה. עם זאת, הרחבת הנגישות באמצעות מכללות אקדמיות לא לוותה בהשקעה דומה בסגל ההוראה של מוסדות אלו. כאשר כוללים את האוניברסיטאות והמכללות גם יחד בניתוח, מצביעים ממצאיו של בן-דוד על צמיחה של 428 אחוז באוכלוסיית הסטודנטים של ישראל, בעוד שמספרם של חברי סגל ההוראה הבכיר עלה ב-40 אחוז בלבד.
הקמתן של מכללות אקדמיות הייתה חשובה ואפשרה לאנשים רבים יותר לזכות בהשכלה גבוהה. אולם למגמה המעודדת לימודים במכללות ולא באוניברסיטאות יש גם כמה השלכות שליליות. ראשית, קיים חשש בנוגע לאיכות ההשכלה שיכול להעניק סגל הוראה שאינו עוסק בעצמו במחקר עדכני. שנית, המחסור הגובר במשרות המציעות קביעות או במסלול לקבלת קביעות עלול להרתיע אנשים מוכשרים מבחירה במסלול מחקרי, בישראל או בכלל.
בשנים האחרונות מתעוררת הכרה הולכת וגוברת באיומים הניצבים בפני האוניברסיטאות בישראל. כדי להתמודד עמם פיתחה הממשלה תכנית "מרכזי מצוינות", שמטרתם למשוך חוקרים ישראלים מהשורה הראשונה. מרכזים אלו מתאפיינים בחופש נרחב יותר בכל הנוגע לרמות התגמול ולדרישות הוראה מופחתות מהחוקרים. עם זאת, אם ישראל מעוניינת להמשיך ליהנות מהתועלת הכלכלית והחברתית שנובעת מפיתוח ידע ומחקרים ברמה בין-לאומית, כמו גם מבוגרי אוניברסיטאות מוכשרים ובעלי יכולות גבוהות, עליה לשקול מחדש את היקף תמיכתה באוניברסיטאות. הדבר דורש הערכה מחודשת של סדר העדיפויות הלאומי והשקעה גדולה יותר באוניברסיטאות, ובמיוחד הגדלה של מספר משרות סגל ההוראה הבכיר.