למערכת המיסים תפקיד מרכזי בפעילות המשק. היא נדרשת בראש ובראשונה לספק משאבים לשירותים המסופקים של ידי המגזר הציבורי, בצורה יעילה והוגנת. ביכולתה לעודד יציאה לעבודה או בטלה, חסכנות או פזרנות, היא גם משפיעה על התנהגותם של האזרחים. למיסים תפקיד מרכזי בקביעת מידת ההוגנות של חלוקת ההכנסות וכן בהשפעה על המאקרו כלכלה: באופן טבעי גביית המיסים עולה בתקופות גאות כלכליות, מה שמרסן את פעילות המשק; והיא יורדת בזמני מיתון, ובכך מספקת תמריץ למשק. אפשר לומר, שהתפקוד התקין של כלל המשק מותנה בקיומו של מנגנון מיסים עקבי ומתוכנן היטב.
ירום אריאב, מנכ”ל משרד האוצר בשנים 2007-09, מצביע על כך שהשינויים המבניים שנעשו במשרד האוצר בכל הנוגע לאחריות על מערכת המיסים יצרו מכשול מטריד לניהול מדיניות מיסים יציבה. בדו”ח מצב המדינה לשנת 2010 של מרכז טאוב, שהתפרסם החודש, אריאב מצביע על היעדר עקביות במדיניות המס, ועל היעדר ראייה כוללת ויד מכוונת בתחום זה. אריאב מצביע על דוגמאות רבות להיעדר העקביות וביניהן: הפחתה בשיעורי המס הישיר והעלאת המיסים העקיפים, העלאה והפחתה של המע”מ חדשות לבקרים, העלאת הבלו על הדלק וביטול ההעלאה לאחר כמה שבועות, כוונה לבטל את הפטור ממע”מ על פירות וירקות ועל שירותי תיירות וביטול צעד זה לאחר מכן, שינויים תכופים במיסוי נדל”ן ללא מדיניות כוללת בנושא, מתן פטור למשקיעי חוץ על הכנסות שונות בשוק ההון וכוונה לבטל פטור זה.
אריאב סבור, שאחד ההסברים לכך טמון בשינוי המבני שנעשה במשרד האוצר לפני פחות מעשור. בעבר, אגף מס הכנסה וגף המכס והמע”מ היו שני אגפים נפרדים, שמעליהם היה מינהל הכנסות המדינה. במצב כזה הייתה הפרדה מובהקת בין אגף המטה, שקבע את מדיניות המס, ובין אגפי הביצוע שהיו אחראיים על גביית המס. למינהל הכנסות המדינה הייתה אז השפעה רבה הן על מדיניות המס הכוללת והן על המיסוי ברמה הענפית. מצב זה השתנה מהותית כאשר בשנת 2004 אוחדו אגף מס הכנסה ואגף המכס והמע”מ ונוצרה רשות המיסים.
מאחורי מיזוג זה עמדו אולי שיקולי יעילות וחיסכון לגיטימיים, אך השינוי לא השיג עד כה חיסכון משמעותי. בה בעת, בעקבות המיזוג, מינהל הכנסות המדינה נתפס כמיותר וחדל להוות גורם בעל משקל מכריע בקביעת מדיניות המס. לריק שנוצר בניהול המדיניות במשרד האוצר לא נכנס גוף אחר מתוך המשרד. כתוצאה מכך, מדיניות המס נקבעת היום על-ידי מספר רב של גורמים שונים, הפועלים ללא תיאום ביניהם ולא פעם אף זה כנגד זה.
למינהל הכנסות המדינה לא קם אם כן יורש טבעי. רשות המיסים מופקדת על גביית מיסים, אך איננה מופקדת על קביעת מדיניות המס; אגף התקציבים מתמחה בנושאים של הוצאות המדינה ואינו מומחה בכל הנוגע להכנסותיה; וכן הלאה.
אריאב קורא לשיקום מיידי של המעמד והתפקיד הקודמים של מינהל הכנסות המדינה, באומרו, שההיגיון והניסיון כאחד מוכיחים שזהו הגוף הנכון לבחינת מדיניות מיסים בראייה מערכתית. בכך תוכל ישראל ליהנות ממשטר מיסים אשר יעודד צמיחה, יציבות והוגנות.