מבחינה אידיאולוגית, המדיניות מאז קום המדינה הייתה שמירה וחיזוק של הזהות היהודית בקרב תלמידי המגזר היהודי, והשלמה – לא תמיד מרצון – עם קיום הזהות הלאומית של התלמידים הערבים. המרכיב האידיאולוגי הוא החשוב מבין השניים, וראיה לכך היא העובדה שגם במקומות שמאפשרים לקיים מערכת חינוך אחת כמו בערים המעורבות (תל אביב-יפו, חיפה, ירושלים, עכו, לוד ורמלה) מתקיימת הפרדה מלאה בין שתי מערכות החינוך.
ההפרדה הזו מתקיימת בכל תת-המערכות אך היא חריפה יותר בחינוך הממלכתי דתי והחרדי – שם היא מגובה בהוראות מהדרגים הבכירים ביותר, ה”ממליצים” חד-משמעית לא לאפשר קליטת מורים ערבים.
למציאות זו יש השלכות רבות הן במישור החינוכי והן במישור החברתי הכללי. במישור החינוכי מועצמות ההשפעות של התנודות בביקוש ובהיצע של מורים, בגלל מגבלות המעבר ממגזר למגזר. במישור החברתי ההשפעה העיקרית היא חיזוק מגמות הבידול בין התושבים היהודים לערבים.